विभिन्न कारणों से ट्रेज़री से जीपीएफ भुगतान वाउचर न मिलने के कारण मुख्य रूप से मिसिंग डेबिट उत्पन्न होते हैं और परिणामस्वरूप, परिणामस्वरूप, संबंधित डेबिट के बिना प्राप्त धनराशि और संबंधित डेबिट के बिना रिफंड प्राप्त होते हैं। भुगतान वाउचर में गलत जीपीएफ खाता संख्या, सब्सक्राइबर नाम आदि के कारण कई बार अन-पोस्टेड डेबिट होते हैं।

जीपीएफ खाता मिसिंग डेबिट और ब्याज के कारण फुलाया हुआ संतुलन दिखाता है।  यह राशि अंतिम निपटान के समय शेष राशि से वसूली जाएगी। कभी-कभी, मिसिंग डेबिट और ब्याज की वसूली में देरी से जीपीएफ खाते में माइनस बैलेंस हो जाता है जिसे पेंशनभोगी लाभों से वसूल करना होता है।

जीपीएफ ग्राहक को दी गई अग्रिम राशि उसकी जीपीएफ लेखा पर्ची में नहीं दिखाई देने पर, आहरण और संवितरण अधिकारी (DDO) के माध्यम से स्वीकृत अग्रिम और आहरण की पूरी जानकारी की साथ प्रधान महालेखाकार (लेखा एवं हक), पश्चिम बंगाल कार्यालय के नोटिस में लाया जाना चाहिए।