ऋण और अग्रिमों के संबंध में, जिनके विस्तृत खाते उनके द्वारा रखे जाते हैं, महालेखाकार को मूलधन या ब्याज के भुगतान में कोई भी चूक हो तो इसका रिपोर्ट बिना विलंब किए उस प्राधिकरण  को किया जाना चाहिए जिसने ऋण या अग्रिम को मंजूरी दी थी। यदि वह प्राधिकरण ब्याज या मूलधन और ब्याज की अतिदेय किश्तों पर कोई दंडात्मक ब्याज लागू करता है या यदि उस प्राधिकरण द्वारा जारी किए गए नियमों और आदेशों के तहत मूलधन / ब्याज की अतिदेय किश्तों पर दंडात्मक ब्याज वसूली योग्य है, तो इसकी वसूली को निगरानी/देखरेख करने का कर्तव्य महालेखाकार का होगा।

राज्य सरकारों, सांविधिक निगमों, सरकारी कंपनियों, अर्ध-सार्वजनिक निकायों और विकास और अन्य उद्देश्यों के लिए निजी संस्थानों को दिए जाने वाले भारी ऋण के वर्तमान संदर्भ में, यह महालेखाकार का एक महत्वपूर्ण कार्य बन गया है, न केवल उन विभिन्न शर्तों की पूर्ति को देखने के लिए जिन पर ऋण स्वीकृत किए गए हैं, बल्कि यह भी सुनिश्चित करना कि ऋण का उपयोग उद्देश्यों के लिए और उन वस्तुओं पर किया जाता है जिनके लिए वे स्वीकृत हैं।