महानिदेशक लेखापरीक्षा का कार्यालय, पूर्वोत्तर सीमा रेलवे, मालीगांव, गुवाहाटी भारतीय लेखापरीक्षा और लेखा विभाग जो भारत के नियंत्रक एवं महालेखापरीक्षक की अध्यक्षता में भारत की सर्वोच्च लेखापरीक्षा संस्था है,का एक क्षेत्रीय कार्यालय है।प्रधान निदेशक लेखापरीक्षा, पूर्वोत्तर सीमा रेलवे, मालीगांव, गुवाहाटी को भारत सरकार के भारतीय रेलवे के अंतर्गत एक जोनल रेलवे, पूर्वोत्तर सीमा रेलवे के खातों की लेखापरीक्षा करने के लिए भारत के नियंत्रक एवं महालेखापरीक्षक की ओर से प्रत्यायोजित किया जाता है। इस लेखापरीक्षा में पूर्वोत्तर सीमा रेलवे के महाप्रबंधक और महाप्रबंधक (निर्माण) के कार्यालयों के खातों, प्राप्तियों, व्यय, लेनदेन और भंडारों और स्टॉक के खातों की लेखापरीक्षा और मुख्यालय, मालीगांव और 5 (पांच) मंडलों कटिहार (बिहार), अलीपुरद्वार (पश्चिम बंगाल) और रंगिया, लुमडिंग और तिनसुकिया(असम) को शामिल करते हुए पूर्वोत्तर सीमा रेलवे के क्षेत्रीय क्षेत्राधिकार पर अपने संबंधित प्रशासनिक नियंत्रण वाले अधीनस्थ प्राधिकारियों के खातों, प्राप्तियों, व्यय, लेनदेन और भंडारों और स्टॉक के खातों की लेखापरीक्षा शामिल है ।
महानिदेशक लेखापरीक्षा, पूर्वोत्तर सीमा रेलवे, मालीगांव, गुवाहाटी की लेखापरीक्षा टिप्पणियां/रिपोर्ट भारत के नियंत्रक एवं महालेखापरीक्षक की संघ रिपोर्ट का एक हिस्सा है जो संसद के समक्ष रखी जाती है ।