महानिदेशक लेखापरीक्षा, पूर्वोत्तर सीमा रेलवे, मालीगांव, गुवाहाटी का क्षेत्राधिकार पूरे पूर्वोत्तर सीमा रेलवे तक फैला हुआ है। पूर्वोत्तर सीमा रेलवे को महाप्रबंधक और महाप्रबंधक (निर्माण) की अध्यक्षता में दो विंगों,ओपनलाइन और निर्माण में विभाजित किया गया है और जोनल मुख्यालय स्तर पर विभागों के प्रधान मुख्य प्रमुख प्रमुखों/मुख्य प्रमुखों और उनके अधीनस्थों और रेल मंडल स्तर पर मंडल रेल प्रबंधकों और उनके अधीनस्थों द्वारा समर्थित है । पू सी रेलवे के मंडल मुख्यालय कटिहार (बिहार), अलीपुरद्वार (पश्चिम बंगाल) और रंगिया, लुंडिंग और तिनसुकिया (असम) में है। महाप्रबंधक और महाप्रबंधक (निर्माण और जोनल मुख्यालय और मंडल स्तर पर उनके सभी अधीनस्थ प्राधिकरण महानिदेशक निदेशक लेखापरीक्षा, पू सी रेलवे की लेखापरीक्षा योग्य संस्थाएं हैं।