लेखापरीक्षा कार्यालय को सिक्किम स्थित राज्य सरकार, कुछ केंद्र सरकार के विभागों, सांविधिक निगमों, कंपनियों, विभागीय प्रबंधीय वाणिज्यिक लेखापरीक्षा कार्यालयों तथा राज्य में स्थित पंचायतों के व्यय एवं राजस्व प्राप्तियों की लेखापरीक्षा का काम सौंपा है तथा भारत के नियंत्रक-महालेखापरीक्षक के लेखापरीक्षा प्रतिवेदनों की तैयारी करने तथा लेखा तथा लेखापरीक्षा के जांच में राज्य विधानमंडल की लोक लेखा समिति की सहायता करना है।

प्रधान महालेखाकार (लेखापरीक्षा) सिक्किम का कार्यालय लेखापरीक्षा भवन, देवराली में स्थित है।