सिक्किम संघ का 22 वां राज्य है। सिक्किम का भारतीय संघ में 26 अप्रैल 1975 में विलय हुआ था। आरंभ में, सिक्किम राज्य के लेखांकन एवं लेखापरीक्षा के निर्वाहन के लिए निदेशक लेखापरीक्षा, केंद्रीय कोलकाता कार्यालय में संयुक्त निदेशक के प्रभार के तहत सिक्किम सेल बनाया गया था। एक स्वतंत्र यूनिट के रूप में पूर्ण कार्यालय ने 10 दिसंबर 1981 को आर.पी पाल प्रथम महालेखाकार ने कार्य करना आरंभ किया। 01 मार्च 1984 को भारतीय लेखा तथा लेखापरीक्षा विभाग के पुनर्गठन के परिणामस्वरूप, इस कार्यालय को दो कार्यालयों अर्थात लेखा एवं हकदारी (ले.एवं ह.) और लेखापरीक्षा कार्यालयों में विभाजित किया गया। जबकि  प्रधान महालेखाकार विभागाध्यक्ष है तथा वरिष्ठ उप महालेखाकार/उप महालेखाकार कार्यालय अध्यक्ष है। मार्च 1984 से भारतीय लेखा तथा लेखापरीक्षा विभाग के पुनर्गठन के परिणामस्वरूप, प्रधान महालेखाकार (लेखापरीक्षा) तथा वरिष्ठ उप महालेखाकार के कार्यालय अस्तित्व में आए। मार्च 2006 तक कार्यालय, गंगटोक राजधानी के हृद्य में किराये की बिल्डिंग में स्थित थे। अप्रैल 2006 से कार्यालय को लेखापरीक्षा भवन, देवराली, तादोंग, गंगटोक में स्थानांतरित किया गया है।

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