अप्रत्यक्ष कर (INDT) स्कंध में जीएसटी और सीमा शुल्क की लेखापरीक्षा शामिल है एवं इसमें केंद्रीय उत्पाद शुल्क और सीमा शुल्क की अनुपालना लेखापरीक्षा शामिल है, जिसमें विभिन्न नियमों और विनियमों के अनुपालन एवं प्रणाली के अंतर्गत आंतरिक नियंत्रण की पर्याप्तता के संबंध में आश्वासन लेने हेतु पूरे आयुक्तालय के कार्यविधि को शामिल किया जाता है।

केंद्रीय उत्पाद शुल्क और सीमा शुल्क की निष्पादन लेखापरीक्षा जिसमें लेखापरीक्षा के तीन ई (अर्थव्यवस्था, दक्षता और प्रभावशीलता) के मूल्यांकन के लिए गहन विश्लेषण हेतु किसी विशेष योजना या विषय को लिया जाता है, विभाग में प्रचलित विभिन्न अनुप्रयोगों जिसमें जोखिम मूल्यांकन, नियंत्रण मूल्यांकन, परिवर्तन प्रबंधन, आदि शामिल हैं, की आईटी लेखापरीक्षा की जाती है।

विशाखापत्तनम आयुक्तालय एवं सीमा शुल्क, विशाखापत्तनम में समवर्ती लेखापरीक्षा।

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