महालेखाकार को भारतीय लेखापरीक्षा और लेखा सेवा के दो समूह अधिकारियों द्वारा सहायता प्रदान की जाती है, जिनका पदनाम वरिष्ठ समयमान/कनिष्ठ प्रशासनिक ग्रेड होता है. (लेखा एवं हकदारी) कार्यालय में चार अलग-अलग कार्यात्मक समूह हैं: प्रशासन, लेखा, भविष्य निधि और पेंशन.

दो या तीन स्कंध समूह अधिकारियों, अर्थात उप महालेखाकार/वरिष्ठ उप महालेखाकार के अधीन होते हैं. प्रधान/महालेखाकार सीधे शिकायत प्रकोष्ठ और आंतरिक परीक्षण लेखापरीक्षा स्कंध का पर्यवेक्षण करते हैं. कार्यालय में आगंतुकों की सुविधा के लिए एक सुविधा प्रकोष्ठ स्थापित किया गया है, जो शिकायत, सूचना मांगने आदि से संबंधित किसी भी व्यक्ति को कार्यालय में आने पर मार्गदर्शन प्रदान करता है.