एसएमयू द्वारा किए गए प्रशासनिक पुनर्गठन के परिणामस्वरूप, इस कार्यालय को प्रधान निदेशक (लेखापरीक्षा), रेलवे, कोलकाता के कार्यालय के रूप में पुनर्गठित किया गया है।
वर्ष 2006 में पूर्ववर्ती प्रधान लेखा परीक्षा निदेशक कार्यालय, दक्षिण पूर्वी रेलवे को तीन भागों में विभाजित किया गया था और तीन क्षेत्रीय रेलवे लेखा परीक्षा कार्यालय अस्तित्व में आए थे। तब से, यह कार्यालय गार्डन रीच में क्षेत्रीय कार्यालय के साथ-साथ चार मंडल कार्यालयों और खड़गपुर में एक कार्यशाला कार्यालय के साथ काम कर रहा था। सितंबर 2019 में, वर्कशॉप लेखा परीक्षा कार्यालय / खड़गपुर को भंग कर दिया गया था।