प्रशासन अनुभाग उप महालेखाकार के प्रभार में कार्य करता है। उन्हें एक वरिष्ठ लेखा अधिकारी सहित एक सहायक लेखा अधिकारी और अन्य सहायक कर्मचारियों द्वारा सहायता प्रदान की जाती है। भर्ती, पदस्थापना, पदोन्नति, कार्मिकों के स्थानांतरण प्रतिनियुक्ति, संशोधित अनुमानों की तैयारी- बजट अनुमान, वेतन और भत्ते का भुगतान और अन्य व्यक्तिगत दावों के निपटान, कार्यालय सामग्री की खरीद, प्रशिक्षण, विभिन्न विभागीय परीक्षाओं के आयोजन आदि से संबंधित सभी कार्य इस विंग द्वारा किए जाते हैं।