प्रधान महालेखाकार (लेखा व हकदारी) का कार्यालय राज्य सरकार के राजपत्रित अधिकारियों के वेतन पर्ची की व्यवस्था या वेतन और भत्ते के प्राधिकरण और जाँच के लिए जिम्मेदार है।

इसलिए, राज्य सरकार के राजपत्रित अधिकारियों से संबंधित रिकॉर्ड, रजिस्टर, छुट्टी का विवरण आदि को बनाए रखने और वेतन पर्ची, छुट्टी वेतन प्रमाण पत्र, छुट्टी नकदीकरण हेतु प्राधिकार , खाते में शेष छुट्टी की रिपोर्ट आदि जारी करना प्रधान महालेखाकार (लेखा व हकदारी ), मणिपुर के कार्यालय का कर्तव्य है।

राज्य सरकार के राजपत्रित अधिकारियों लिए वेतन, अवकाश वेतन और विभिन्न दावो के लिए अनुमत अन्य भत्ते, सेवा की शर्तों को नियंत्रित करने वाली राज्य सरकार के सक्षम प्राधिकारी द्वारा बनाए गए नियमों और विनियमों के संदर्भ में विनियमित किये जाते हैं।