मुख्यालय के कार्यालय आदेश दिनांक 31 जुलाई, 2009 के द्वारा पूर्ववर्ती कार्यालय महानिदेशक लेखापरीक्षा, केंद्रीय राजस्व, नई दिल्ली से विभाजन होने पर कार्यालय महानिदेशक लेखापरीक्षा (केंद्रीय प्राप्ति), नई दिल्ली अस्तित्व में आया। कार्यालय महानिदेशक लेखापरीक्षा (केंद्रीय प्राप्ति) को आयकर, सीमा शुल्क और जीएसटी के संबंध में प्राप्तियों के साथ-साथ व्यय की लेखापरीक्षा का कार्य सौंपा गया है। क्षेत्रीय प्रशिक्षण केंद्र (आरटीसी), नई दिल्ली इस कार्यालय के प्रशासनिक नियंत्रण में कार्य करता है। नियंत्रक एवं महालेखापरीक्षक के राजस्व प्राप्तियों (केंद्र सरकार) के प्रतिवेदनों में सम्मिलित करने हेतु यह कार्यालय निष्पादन लेखापरीक्षा से संबंधित आँकड़ें/टिप्पणियों तथा मसौदा पैराग्राफ (डीपी) के रूप में अपनी सामग्री मुख्यालय को अग्रेषित करता है। लेखापरीक्षा महानिदेशक (केंद्रीय प्राप्ति) को दो समूह अधिकारीगण एक आयकर प्राप्ति लेखापरीक्षा (आरएआईटी) के लिए और दूसरा सीमा शुल्क (सीआरए), जीएसटी (सीईआरए) व क्षेत्रीय प्रशिक्षण केंद्र (आरटीसी) की लेखापरीक्षा हेतु तथा ग्वालियर शाखा कार्यालय में भी दो समूह अधिकारी (एक प्राप्ति लेखापरीक्षा के लिए और दूसरा ग्वालियर में व्यय लेखापरीक्षा व प्रशासन कार्य हेतु) सहायता प्रदान करते हैं।