इस कार्यालय का नेतृत्व महानिदेशक वाणिज्यिक लेखा परीक्षा महानिदेशक तथा पदेन सदस्य लेखा परीक्षा बोर्ड (एमएबी) करते हैं जिन्हें दो निदेशकों एवं 5 हेडक्वार्टर समन्वय अनुभागों द्वारा  सहायता प्रदान की जाती है। 13 स्थानीय लेखा परीक्षा दल (एलाएपी) और 9 निवासी लेखा परीक्षा दल (आरएपी) मुख्यतः तेल, खनन, उर्वरक, भारी इंजीनियरिंग और बीमा क्षेत्र में 66 केंद्रीय सार्वजनिक क्षेत्र के उद्यम, 2 वैधानिक निगमों और 47 केंद्रीय स्वायत्त निकायों(प्रिंसिपल ऑडिटर और सब ऑडिटर के रूप में) का लेखापरीक्षा करते हैं।  
निवासी लेखा परीक्षा दल (आरएपी) कोच्चि, नेवेली, त्रिची, मैंगलोर और तूतीकोरिन में स्थित हैं। 
 भारत के संविधान के अनुच्छेद 148, 149, 150 और 151 और नियंत्रक एवं महालेखा परीक्षक (कर्तव्य, शक्तियां और सेवा की शर्तें) अधिनियम, 1971 केंद्रीय सार्वजनिक क्षेत्र उद्यमों (सीपी एस सी) और केंद्रीय स्वायत्त निकायों (सीए बी) के लेखापरीक्षा के लिए जनादेश प्रदान करते हैं  लेखापरीक्षा और लेखा, 2007 पर सीएजी के विनियमों के अनुपालन में किया गया। 
निकाय और प्राधिकरणों का लेखा परीक्षण डीपीसी अधिनियम, 1971 की धारा 14, 15, 19 (2), 19 (3) और 20 के प्रावधानों द्वारा नियंत्रित है।  इसके अलावा, कंपनी अधिनियम 2013 की धारा 143 केंद्रीय सार्वजनिक क्षेत्र के उद्यम  और वैधानिक निगमों के लेखापरीक्षा के लिए प्राधिकरण प्रदान करती है। 

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