कोषागार निरीक्षण का प्राथमिक उद्देश्य, एक प्रणाली स्थापित करने के लिए विभागीय प्राधिकारियों  की सहायता करना है, जहां निर्धारित नियमों के अनुसार कोषागार काम करते हैं। कोषागार निरीक्षण दलों द्वारा इंगित की गई अनियमितताओं को कोषागार कार्यालयों द्वारा जल्द से जल्द सुधारा जाना चाहिए, जिससे ट्रेजरी के काम करने की क्षमता और खातों की गुणवत्ता में वृद्धि हो।

प्रत्येक कोषागार निरीक्षण के पूरा होने के 20 दिनों के भीतर, महालेखाकार संबंधित इकाइयों को निरीक्षण रिपोर्ट (आईआर) के बारे में सूचित करेंगे। निरीक्षण रिपोर्ट पर की गई कार्रवाई पर सुधार रिपोर्ट संबंधित निरीक्षण इकाइयों द्वारा निरीक्षण रिपोर्ट की प्राप्ति से एक महीने के भीतर प्रस्तुत करना आवश्यक है।

निरीक्षण रिपोर्ट के बकाया पैरा की समय-समय पर निगरानी की जाती है तथा उचित स्तरों पर अर्ध सरकारी पत्रों द्वारा संबंधित अधिकारियों के ध्यान में लाया जा रहा  है। यदि आयुक्त कोषागार खाता (Commissioner Treasury Accounts) से अनुरोध होता है तो संबंधित इकाइयों द्वारा प्रस्तुत उत्तरों के आधार पर बकाया पैरा की समाशोधन के लिए इस कार्यालय द्वारा कोषागार और लेखा विभाग के साथ संयुक्त बैठकें आयोजित की जाती हैं.