कोलकाता स्थित प्रधान निदेशक लेखापरीक्षा कार्यालय का एक शाखा कार्यालय पूर्व मध्य रेलवे, हाजीपुर में स्थित है, जो भारत के नियंत्रक एवं महालेखा परीक्षक के अधीन है और जिसका मुख्यालय कोलकाता, पश्चिम बंगाल में है। हाजीपुर स्थित शाखा कार्यालय पूर्व मध्य रेलवे की विभिन्न इकाइयों, जैसे मुख्यालय, प्रभाग, यातायात, निर्माण, कार्यशाला, भंडार और शाखा कार्यालयों का विस्तृत परीक्षण लेखापरीक्षा करने के लिए उत्तरदायी है, जो पूर्व मध्य रेलवे के महाप्रबंधक कार्यालय के अधिकार क्षेत्र में आती हैं। यह लेखापरीक्षा संशोधित लेखापरीक्षा मानदंड 2003, रेलवे लेखापरीक्षा नियमावली और लेखापरीक्षा के दायरे से संबंधित गुप्त निर्देश ज्ञापन में निर्धारित सीमा तक और भारत के उप नियंत्रक एवं महालेखा परीक्षक (रेलवे) द्वारा समय-समय पर जारी आदेशों के अनुसार की जाती है।
प्रधान निदेशक लेखापरीक्षा कार्यालय के समग्र प्रशासनिक और पर्यवेक्षी प्रभार में हैं, जिनकी सहायता निदेशक और वरिष्ठ लेखापरीक्षा अधिकारी करते हैं। प्रधान निदेशक पूर्व मध्य रेलवे (जिसमें निर्माण संगठन भी शामिल है) से संबंधित प्राप्तियों और व्यय के लेखापरीक्षा के लिए भारत के अतिरिक्त उप नियंत्रक एवं महालेखा परीक्षक (रेलवे) के प्रति प्रत्यक्ष रूप से उत्तरदायी है। प्रधान निदेशक लेखापरीक्षा पूर्वी मध्य रेलवे में स्थित क्षेत्रीय इकाइयों की गतिविधियों का निर्देशन, निगरानी और नियंत्रण करते हैं। उन्हें इस कार्यालय के रिपोर्ट एवं आंतरिक परीक्षण लेखापरीक्षा (आईटीए) अनुभाग का प्रत्यक्ष पर्यवेक्षण प्रभार भी प्राप्त है।
