कार्यालय निष्पादन लेखापरीक्षा, अनुपालन लेखापरीक्षा, प्रत्यक्ष कर विभाग की वित्तीय लेखापरीक्षा, अप्रत्यक्ष कर विभाग और केंद्रीय स्वायत्त निकायों के केंद्रीय व्यय लेखापरीक्षा का संचालन करता है। लेखापरीक्षा, भारत के नियंत्रक एवं महालेखा परीक्षक द्वारा जारी ऑडिटिंग मानकों के अनुरूप किया जाता है।