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महालेखाकार , असम, शिलॉन्ग की एक शाखा कार्यालय के एक लेखा अधिकारी की अध्यक्षता में शुरू में, 1 जनवरी, 1967 से तत्कालीन मलेरिया कार्यालय, लम्पेलपत इम्फाल, फिर रिम्स परिसर में स्थित था। 1970 की शुरुआत के दौरान कार्यालय को लम्फेलपत में स्थानांतरित कर दिया गया था, जहां वर्तमान निदेशालय को रखा गया है। 70 के दशक की शुरुआत में शाखा कार्यालय को एक उप महालेखाकार (डी.ए.जी) के नेतृत्व में फिर से वर्तमान स्थान (बाबूपारा) में स्थानांतरित कर दिया गया था। यह परिसर अन्य दो कार्यालयों अर्थात् निपटान और भूमि रिकॉर्ड और सांख्यिकी के साथ साझा किया गया था। यह 1974 में एक महालेखाकार की तैनाती के साथ एक पूर्ण कार्यालय बन गया, जो मणिपुर राज्य के लेखा परीक्षा और लेखा व हकदारी दोनों कार्यों की देखभाल करता था। मौजूदा जमीन को डेग नं। 4292/4379 और पट्टा न.831 (नया) 0.9456 हेक्टेयर को मापने के लिए आधिकारिक तौर पर राज्य सरकार द्वारा 22/09/1981 को महालेखाकार, मणिपुर के कार्यालय को आवंटित किया गया था। भारतीय लेखा परीक्षा और लेखा विभाग (भ.ले.प.व ले.वि) के पुनर्गठन के परिणामस्वरूप, महालेखाकार, मणिपुर के कार्यालय को 1 मार्च 1984 से महालेखाकार (लेखा परीक्षा) और वरिष्ठ उप महालेखाकार (लेखा व हकदारी) के कार्यालय में विभाजित किया गया। । जब वर्तमान भवन का निर्माण शुरू किया गया था, तो कार्यालय को अस्थायी रूप से 1992 के दौरान एजी स्टाफ कॉलोनी, लम्पेलपत में स्थानांतरित कर दिया गया था। 22 जनवरी, 1997 को श्री वी.के. शुंगलू, भारत के तत्कालीन नियंत्रक एवं महालेखा परीक्षक द्वारा उद्घाटन के बाद कार्यालय को वर्तमान भवन में वापस स्थानांतरित कर दिया गया था।