वरिष्ठ उप महालेखाकार (ए एंड ई) भारत के संविधान और नियंत्रक एवं महालेखा परीक्षक के कर्तव्य, शक्तियां और सेवा की शर्तें (डीपीसी) अधिनियम, 1971 द्वारा भारत के नियंत्रक और महालेखा परीक्षक में निहित शक्तियों के तहत कार्य करते हैं।

सिक्किम सरकार के मुख्य वेतन और लेखा कार्यालय से प्राप्त वाउचर, बैंक रसीदें, नकद खाता और भुगतान की सूची के आधार पर व्यय और प्राप्तियों के मासिक खातों का संकलन, लोक निर्माण, सार्वजनिक स्वास्थ्य इंजीनियरिंग, वन और अन्य ऐसे संकलित खाते राज्य के संभागीय कार्यालय मासिक सिविल लेखा तैयार करना और राज्य सरकार को प्रस्तुत की जाती है ।

प्रत्येक वित्तीय वर्ष की समाप्ति के बाद राज्य सरकार के वित्त खातों और विनियोग खातों की तैयारी, जो भारत के नियंत्रक और महालेखा परीक्षक की मंजूरी के बाद राज्यपाल को राज्य विधानमंडल के समक्ष रखने के लिए प्रस्तुत की जाती है। राज्य सरकार के विभागों के साथ खातों का पुनर्गठन और वित्त विभाग को सुलह बयान प्रस्तुत करना।

सिक्किम के उच्च न्यायालय के मुख्य न्यायाधीश और अन्य न्यायाधीशों की पेंशन और अन्य सेवानिवृत्ति लाभों को अंतिम रूप देना और प्राधिकृत करना। सिक्किम सरकार और अन्य राज्य सरकारों के बीच एक मध्यस्थ के रूप में कार्य करता है, जो सिक्किम में पेंशन पाने वाले अन्य राज्यों के पेंशनभोगियों से संबंधित पेंशन लाभ के निपटान के लिए है।