सिक्किम में कोषागार/सीपीएओ (Treasuries/CPAO) कार्य कोषागार निदेशक, सिक्किम के प्रशासनिक नियंत्रण में कार्य करता है। यहाँ आठ लेखा प्रस्तुति इकाइयाँ हैं, जिनका नेतृत्व निम्नलिखित कार्यालयों द्वारा किया जाता है। ये कार्यालय सिविल, लोक निर्माण और वन डिवीजनों से संबंधित प्रारंभिक लेखे (Initial Accounts) को वरिष्ठ उप महालेखाकार (लेखा एवं हकदारी) [Sr. Dy. Accountant General (A&E)], सिक्किम, गंगटोक के कार्यालय को प्रस्तुत करते हैं:

1. कोषागार निदेशक/वेतन एवं लेखा कार्यालय, मुख्यालय, गंगटोक
2. मुख्य वेतन एवं लेखा कार्यालय, गंगटोक जिला
3. मुख्य वेतन एवं लेखा कार्यालय, ग्यालशिंग जिला
4. मुख्य वेतन एवं लेखा कार्यालय, मंगन जिला
5. मुख्य वेतन एवं लेखा कार्यालय, नामची जिला
6. मुख्य वेतन एवं लेखा कार्यालय, पाकयोंग जिला
7. मुख्य वेतन एवं लेखा कार्यालय, सोरेंग जिला
8. एसएनए-स्पर्श साइबर कोषागार (SNA-SPARSH Cyber Treasury), मुख्यालय

प्रारंभ में, कोषागार निदेशक के नियंत्रण में चार जिला मुख्य वेतन एवं लेखा कार्यालय (सीपीएओ) – पूर्व, पश्चिम, उत्तर और दक्षिण – कार्य कर रहे थे। बाद में, पाकयोंग और सोरेंग नामक दो नए जिलों के निर्माण के साथ, इन जिलों के लिए अलग से मुख्य वेतन एवं लेखा कार्यालय स्थापित किए गए हैं। इसके अतिरिक्त, मुख्यालय में एक नव निर्मित सीपीएओ, एसएनए-स्पर्श साइबर कोषागार, भी स्थापित किया गया है। ये सभी सीपीएओ कोषागार निदेशक, सिक्किम के प्रशासनिक नियंत्रण में कार्य करते हैं। प्रत्येक सीपीएओ एक गैर-बैंकिंग कोषागार के रूप में कार्य करता है, और जिला सीपीएओ तथा प्रधान कोषागार निदेशक के कार्यालय में स्थित सीपीएओ (मुख्यालय) प्राथमिक इकाइयों के रूप में कार्य करते हैं जिनके माध्यम से राज्य सरकार के सभी प्रकार के भुगतान किए जाते हैं।

सीपीएओ और वेतन एवं लेखा कार्यालय, मुख्यालय, सरकार के लेखों का रखरखाव करते हैं और उन्हें स्टेट बैंक ऑफ सिक्किम से प्राप्त उपकरणों (instruments) के संदर्भ में वरिष्ठ उप महालेखाकार (लेखा एवं हकदारी) [Sr. Dy. Accountant General (A&E)], सिक्किम के कार्यालय को प्रस्तुत करते हैं।

अन्य राज्यों के विपरीत, भारतीय रिजर्व बैंक (RBI) सिक्किम में सरकारी व्यवसाय का संचालन नहीं करता है, क्योंकि आरबीआई अधिनियम, 1934 की धारा 21ए के तहत आरबीआई और सिक्किम सरकार के बीच कोई समझौता मौजूद नहीं है। स्टेट बैंक ऑफ सिक्किम सरकार के बैंकर के रूप में कार्य करता है और सिक्किम भर में अपनी शाखाओं के माध्यम से राज्य राजस्व एकत्र करता है। सिक्किम राज्य के साथ सभी अंतर-सरकारी लेनदेन (inter-governmental transactions) सिविल लेखा मैनुअल के पैरा 8.20 के प्रावधानों के अनुसार चेक या बैंक ड्राफ्ट के माध्यम से निपटाए जाते हैं।

इसके अलावा, पेंशन, जीपीएफ और जीआईएस निदेशालय (Directorate of Pension, GPF & GIS) को राज्य सरकार के कर्मचारियों के जीआईएस, जीपीएफ, पेंशन और सीपीएफ/एनपीएस खातों के रखरखाव की जिम्मेदारी सौंपी गई है, जिसमें उच्च न्यायालय के न्यायाधीशों के जीपीएफ खाते भी शामिल हैं। पेंशन निदेशालय केंद्रीय सिविल और रक्षा पेंशन, साथ ही सिक्किम में रहने वाले अन्य राज्य सरकारों के पेंशनभोगियों की पेंशन का भी वितरण करता है जो सिक्किम के कोषागारों से अपनी पेंशन प्राप्त करने का विकल्प चुनते हैं। जीपीएफ और पेंशन के कार्य वित्त विभाग, सिक्किम सरकार द्वारा बनाए गए जीपीएफ और पेंशन नियमों द्वारा शासित होते हैं।

वरिष्ठ उप महालेखाकार (लेखा एवं हकदारी) [Sr. Dy. Accountant General (A&E)], सिक्किम का कार्यालय, विभिन्न सीपीएओ से प्राप्त वाउचर, चालान/बैंक रसीदें, और कार्य एवं वन डिवीजनों से संबंधित संकलित लेखों जैसे उपकरणों को संकलित करने के बाद, केवल मासिक सिविल लेखे और सिक्किम सरकार के वार्षिक वित्त और विनियोग लेखे तैयार करता है। इस कार्यालय द्वारा कोई हकदारी कार्य (entitlement functions) नहीं किया जाता है, जो अन्य राज्यों में महालेखाकार के कार्यालयों के विपरीत है। यह प्रणाली राज्य के लेखा ढांचे की स्थापना के बाद से सिक्किम में कार्यरत है।